102年第2學期-5473 計算生物專題 課程資訊

評分方式

評分項目	配分比例	說明
期中考	50	口試。除了檢測學生對課程內容之了解程度外，口語表達能力與英文教材之閱讀能力亦為口試評分之重要依據。學生必須有能力完整地談任一個主題(從實際生物問題出發→建模、計算，與分析計算複雜度→根據計算結果(數據)解答該生物問題)，並且回答問題。
期末考	50	同上

教育目標

介紹 Hidden Markov models 與其在計算生物學裡的應用。學生並可實際體會，機率模型、統計方法、演算法等知識，應用在分子生物學上的整個完整建模(modeling)過程。

課程概述

1.何謂 “計算生物學” (或稱生物資訊學)? DNA由a,t,c,g 4個字母組合而成，如下例即為一串DNA序列(sequence)： atgcactctt caatagtttt ggccaccgtg ctctttgtag cgattgcttc agcatcaaaa acgcgagagc tatgcatgaa atcgctcgag catgccaagg ttggcaccag caaggaggcg (習慣上，每10個字母寫成一小串，小串間以一“空白”隔開。此例計有120個字母，我們稱其長度為120) 人類DNA總長為30億，這30億個字母決定了一個人。1988年開始的人類基因計劃的主要目的，就是將這30億個字母寫出來。而這些字母是如何運作的，則有待進一步了解。這些隱藏於字母中的生命秘密，我們稱之為生物資訊(Biological information)。 DNA會製造出蛋白質，以營造活生生的生命。蛋白質由20個英文字母 (各代表一種氨基酸)組合而成，長度從數十至數百都有，如下例即為一條蛋白質序列： mhssivlatv lfvaiasask trelcmksle hakvgtskea kqdgidlykh mfehypamkk yfkhrenytp advqkdpffi kqgqnillac hvlcatyddr etfdayvgel marherdhvk 人類約有2萬條不同的蛋白質。這些蛋白質如何營造出生命，有待進一步了解。這些隱藏於字母中的秘密，也是所謂的生物資訊(Biological information)。 研究DNA如何運作及蛋白質如何營造生命, 也就是研究生物資訊(Biological information)，是今日蓬勃發展的“生命科學”之目的。 所謂“生物序列”(Biological sequence)，指的是DNA序列或蛋白質序列。 提出有效的生物序列分析方法(演算法或模型)，以計算機為工具，挖掘隱藏在大量字母裡的生物資訊，我們稱之為“計算生物學”(Computational Biology)，或稱之為“生物資訊學”(Bioinformatics)。

基本資料

選修課，學分數：0-3
上課時間：四/2,3,4[ST527]
修課班級：應數碩1,2
修課年級：年級以上
選課備註：大學部可抵專題

參考書目

Textbook:
Biological Sequence Analysis
R. Durbin etc.
1998 Cambridge





References:
1. Algorithms on strings, trees, and sequences.
Dan Gusfield
1997, Cambridge
2. An introduction to bioinformatics Algorithms
Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner
2004, MIT
3. Computers and intractability
Michael R. Garey and David S. Johnson
1979 W.H. Freeman and company
4. Bioinformatics for Biologists
Pavel A. Pevzner etc.
2011 Cambridge