106年第1學期-5475 生物資訊專題 課程資訊

評分方式

評分項目 配分比例 說明
期中考 50 口試。除了檢測學生對課程內容之了解程度外,口語表達能力與原文教材閱讀能力亦為口試評分之重要依據。
期末考 50 口試。除了檢測學生對課程內容之了解程度外,口語表達能力與原文教材閱讀能力亦為口試評分之重要依據。

選課分析

本課程名額為 70人,已有6 人選讀,尚餘名額64人。


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授課教師

謝維華

教育目標

1、認識生物資訊學 2、生物資訊學為跨領域學科;學習跨領域學科的最佳時機應為大學時期。此課程為生物資訊入門,之後學生可於各系修習相關課程,以為日後進一步發展奠基。 此為學習跨領域學科的必經過程,跨領域必需走入所跨領域裡。 3、碩士生若日後有意朝此方向進一步發展,自亦應於各系修習相關課程。 4、本課程將介紹一些重要的生物資訊主題。上課方式為雙線進行:主談生物資訊學,交叉兼談分子生物學。 5、尋求有效率的計算方法,一直是生物資訊學所面臨的挑戰。因此第一週說明何謂生物資訊學後,將先簡介計算複雜度與 NP-completeness 問題。 6、第二週將簡介分子生物學。 7、前二週為學生加退選課程時間,為使較晚選修此課程的學生較無學習落差,因此第三週才會開始本課程主談的生物資訊主題。 8、教學進度會隨著各種假期而調整。

課程概述

1.何謂 “計算生物學” (或稱生物資訊學)? DNA由a,t,c,g 4個字母組合而成,如下例即為一串DNA序列(sequence): atgcactctt caatagtttt ggccaccgtg ctctttgtag cgattgcttc agcatcaaaa acgcgagagc tatgcatgaa atcgctcgag catgccaagg ttggcaccag caaggaggcg (習慣上,每10個字母寫成一小串,小串間以一“空白”隔開。此例計有120個字母,我們稱其長度為120) 人類DNA總長為30億,這30億個字母決定了一個人。1988年開始的人類基因計劃的主要目的,就是將這30億個字母寫出來。而這些字母是如何運作的,則有待進一步了解。這些隱藏於字母中的生命秘密,我們稱之為生物資訊(Biological information)。 DNA會製造出蛋白質,以營造活生生的生命。蛋白質由20個英文字母 (各代表一種氨基酸)組合而成,長度從數十至數百都有,如下例即為一條蛋白質序列: mhssivlatv lfvaiasask trelcmksle hakvgtskea kqdgidlykh mfehypamkk yfkhrenytp advqkdpffi kqgqnillac hvlcatyddr etfdayvgel marherdhvk 人類約有2萬條不同的蛋白質。這些蛋白質如何營造出生命,有待進一步了解。這些隱藏於字母中的秘密,也是所謂的生物資訊(Biological information)。 研究DNA如何運作及蛋白質如何營造生命, 也就是研究生物資訊(Biological information),是今日蓬勃發展的“生命科學”之目的。 所謂“生物序列”(Biological sequence),指的是DNA序列或蛋白質序列。 提出有效的生物序列分析方法(演算法或模型),以計算機為工具,挖掘隱藏在大量字母裡的生物資訊,我們稱之為“計算生物學”(Computational Biology),或稱之為“生物資訊學”(Bioinformatics)。

課程資訊

參考書目

Textbook:

Algorithms on strings, trees, and sequences
── Computer Science and Computational Biology

Dan Gusfield
1997, Cambridge



References:

1. Biological Sequence Analysis
R. Durbin etc.
1998 Cambridge

2. An introduction to bioinformatics Algorithms
Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner
2004, MIT

3. Computers and intractability
Michael R. Garey and David S. Johnson
1979 W.H. Freeman and company

4. Bioinformatics for Biologists
Pavel A. Pevzner etc.
2011 Cambridge

開課紀錄

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