我們如何解釋地球上多樣的生物? 是什麼樣的過程造就出如此的生物多樣性? 我們如何能研究它? 系統分類與比較方法長久以來就是生態與演化學研究的重要基石。這個方法學起源於十八世紀初和十九世紀的自然學者(達爾文自己就是個中佼佼者)，他們觀察不同物種、地理區、和族群內的大量個體，描述各種觀察到的現象所產生的衍生模式，並提出生態與演化學上的解釋。現代以演化樹為基礎的比較方法用來發現物種間的模式在近幾年有快速的發展，比較方法是用來重建祖先特徵，測試適應假說，和推演出朔造表現型和生態特徵演化過程的一整套統計分析方法。

1. Cladistics, 1998, 2nd ed., Ian Kitching et al., Oxford University Press.

2. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach, 1998. Roderic Page & Edward Holmes, Blackwell Science.

3. The Comparative Method in Evolutionary Biology, 1991, Paul Harvey & Mark Pagel, Oxford University Press.

4. Inferring Phylogenetics, 2004, Joseph Felsenstein, Sinauer Associates.

5. Related references.